在三人合伙公司的合作协议中，应该包括以下关键条款：
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公司组织结构：明确各合伙人的身份、权利和责任，确定公司的管理结构和决策机制，规定合伙人之间的协作方式和沟通渠道。
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资金投入和分配：规定各合伙人应当投入的资金数额、投入时间和方式，明确利润分配的比例和方式，确保合理的投入与回报关系。
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工作分配和职责：明确各合伙人在公司中的职责分工，规定各自的工作内容和任务，确保合作顺利进行。
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风险分担和退出机制：规定各合伙人对公司经营风险的分担比例，制定退出的条件和方式，包括合伙人之间的买卖协议、股权转让规定等。
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绩效考核和激励机制：设立绩效评估的标准和方法，确定激励措施和奖惩机制，以激发合伙人的积极性和创造力。
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保密约定和竞争限制：规定合伙人在合作期间和退出后的保密义务，限制合伙人从事与公司业务有竞争关系的活动，确保公司的商业机密和核心竞争力不受损害。
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纠纷解决和仲裁机制：约定合作期间可能出现的纠纷解决方式，如协商、调解、仲裁等，确保纠纷能够及时、有效地解决，避免对公司经营造成影响。
以上是三人合伙公司合作协议中应该包括的关键条款，具体情况还需根据公司的具体情况进行调整和完善。
